V roce 2007, 2 roky po incidentu na Shadow Moses, kde vybuchla atomová bomba a ostrov zničila, se tajná teroristická skupina s ukradenou tajnou armádní zbraní přemístila ze Shadow Moses do místa Daskasan, které se nachází mezi Arménií a Ázerbájdžánem.Tam vybudovala tajnou skrýš, kde zbraň pod názvem METAL GEAR (která pokud se prý dostane do nesprávných rukou může mít katastrofální následky) uschovali a začali rozšiřovat svoji organizaci. Brzy nabyli plnou silou a nyní se chystají ovládnout svět. O tomto se ovšem dozví tajná organizace FOXHound - posledním velitelem byl Liquid snake a jeho zástupcem byl Roy Campbell, ovšem po incidentu na Shadow Moses, kdy byl Liquid zabit a Campbell sesazen z funkce zástupce velitele, neměl chvíli Foxhound žádného velitele. Až o dva roky později kdy byl do čela posazen Solid snake bývalí špion Foxhoundu. Solid snake co by velitel FOXHoundu o tomto teroristickém úmyslu varoval prezidenta státu. Ovšem ten si s touto hrozbou neví rady, protože sám ví jaké schopnosti METAL GEAR má a že obyčejné bojové prostředky ho nezastaví. Povolává tedy snake do akce proti teroristické hrozbě. Snake kvůli této misi nechal Foxhound Foxhoundem a vytvořil nový tým pod názvem PHILANTROPHY !! Philanthropy tým tvoří 3 základní členové: samozřejmě Solid snake a potom Pierre Leclerc a Elizabeth Laeken. Jsou to dva členové najatí přímo pro tuto misi. Snake i s ostatními členy teamu se okamžitě vydají do Daskasanu aby METAL GEARA našli, popřípadě zničili a tím hrozbě zabránili.(2emP4r)